Esta edificação está localizada na Praça André de Albuquerque, na Cidade Alta, na área da antiga capela erguida em 1599 por ocasião da fundação da cidade, cuja conclusão só ocorreu em 1619. Durante o domínio holandês sobre a Capitania do Rio Grande, que perdurou de dezembro de 1633 a fevereiro de 1654, a igreja foi transformada em templo calvinista e, quando da fuga dos batavos, foi destruída (CASCUDO, 1999).

Desde a sua construção, o templo passou por diversas reformas que deram à antiga capelinha elementos para a sua atual configuração. Entre essas, Cascudo (1999, p.100) destaca a reconstrução ocorrida após a expulsão dos holandeses, as reformas de 1672-1694 e a remodelação geral de 1786, que “retiraram da matriz todos os característicos”.
Em 1995, foram realizadas obras na antiga Catedral Metropolitana de Natal com o intuito de reconstituir as suas formas originais. Foram descobertas antigas sepulturas – até o século XIX não existia cemitério em Natal – detalhes no piso, paredes, forros e altares que atestam a herança deixada por gerações passadas. Embora descaracterizado em relação às suas origens, este templo possui valor histórico indiscutível. Segundo Nesi (1994), seu tombamento a nível estadual ocorreu em 30 de julho de 1992.